R語言生信數據分析及可視化作圖(網絡)研討會2023年1月
時間:2023-01-07 09:00 至 2023-01-08 18:00
地點:線上活動
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R語言生信數據分析及可視化作圖(網絡)研討會2023年1月 已截止報名課程時間: 2023-01-07 09:00至 2023-01-08 18:00結束 課程地點: 線上活動 主辦單位: 上海循掘生物科技中心
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會議介紹
會議內容 主辦方介紹
R語言生信數據分析及可視化作圖(網絡)研討會2023年1月宣傳圖
騰訊會議網絡會議室 2023年1月7-8日
會議簡介:
眾所周知,R軟件是用來做數據分析和作圖的軟件。一篇高質量的文章,需要好的原始數據、邏輯的分析思路、漂亮的結果、創新的結論。其中,批量的分析操作會提高效率,美觀的圖片會讓人眼前一亮,刮目相看的。相同的數據,做出來的圖片可能大相徑庭。
下圖就是由同一套數據所做的差異基因的表達聚類熱圖,孰優孰劣一目了然。
R語言特點及優勢
可以用來做生信分析及作圖的數據庫database、在線工具web-service、軟件software有很多,其中R軟件是一種適應性最廣、上手最快的工具??赡苡械娜藭幸蓡?,R語言是一種編程語言,我沒有任何計算機的基礎也適合使用R嗎?
答案是可以的。原因是R軟件做分析及作圖,都有比較現成的R包及代碼。比如轉錄組分析相關的R包及代碼,可以用來做差異分析、火山圖、熱圖、PCA圖、WGCNA等。比如單細胞測序數據分析相關的R包及代碼,可以用來做細胞分型及聚類。還有RNA甲基化分析相關的、蛋白組代謝組相關的、臨床統計分析相關的R包及代碼。
零基礎的是怎么快速掌握呢?以一個做熱圖的代碼為例子,雖然每個人的數據是不同的,但是只要拿到了做熱圖的代碼,我們就可以只是簡單的修改其中幾個參數,就可以輕松作出熱圖!我們只需要記住那幾個關鍵參數的含義及修改即可,而且,代碼中還有詳細的中文注釋!
當然,如果是我們自學就要花費更多的時間了。所以,我們開設了這次R語言實操班??梢酝ㄟ^老師系統的整理各個方向的生信代碼及實操,在短短的兩天一晚時間系統的掌握R分析的各種實操
有很多學員也參加過醫藥加的其他培訓班,比如單細胞、比如RNA甲基化、TCGA、多組學、非編碼RNA等,它們也有一些R的操作及代碼。我們這次也會系統性的對這些班中的R代碼進行教學演練,希望大家帶著問題解決問題。
專家簡介:宋博士
成果:參與完成了近百篇軟件著作權和發明專利的撰寫和申請;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數據庫的分析和構建;完成個體基因檢測流程和無創唐篩流程的開發。
研究方向:有近十年的生信分析經驗,擅長方向有轉錄組測序分析、芯片數據分析、疾病機理研究分析、疾病預后與基因關聯分析、項目分析思路設計以及個性化分析等,精通perl、R等編程語言。
會議預期:通過2天1晚的學習的手把手教學讓學員掌握R軟件下載安裝、Rstudio用法、R語言常用作圖、R語言數據處理方法與編程技術、掌握R語言自主學習實踐的方法與技巧,現場解答學員在實際工作中遇到的有關技術問題,讓學員更好地掌握相關技術的應用。另外,課后學員有感興趣的圖片,老師也可以提供相應的R代碼。
總體思路是根據生信相關的SCI熱點文章為主題,完成里面相關的分析及作圖。該培訓適用于對生信分析或者醫學統計學分析感興趣,編程零基礎及以上的學員參加。
會議詳細日程
R語言生信數據分析及可視化作圖日程 | ||
課程 | 主 要 內容 | |
第一天 上午 | R語言——編程環境、數據結構、語法和練習 | R軟件的歷史、簡介、優缺點 |
R編程形式與資源 | ||
R軟件的安裝 | ||
Rstudio使用技巧及安裝 | ||
R語言的數據結構(元素、向量、矩陣) | ||
R語言的編程方法 | ||
一起練——R語言的編程練習 | ||
第一天 下午 | 生信參考文獻解讀 | 生信文獻的流程解讀 |
常用的生信分析流程 | ||
流程模塊使用的R包及函數簡介 | ||
案例展示 | ||
常用R函數 | 統計編程思想與流程 | |
數據描述性分析R實現 | ||
統計分析R實現 | ||
實戰操作演練——卡方檢驗、回歸分析、方差分析、Fisher精確檢驗、相關性分析等 | ||
第一天 晚上 | 常用R包(1) 轉錄組、蛋白組、表觀組、代謝組等不同組學數據差異基因篩選及可視化 | R包的介紹——r-project 來源及 Bioconductor 來源 |
R包的安裝——在線安裝及本地安裝方法 | ||
芯片數據預處理——標準化,歸一化 | ||
差異分析——差異基因篩選,火山圖 | ||
無監督聚類分析——PCA分析,聚類熱圖分析 | ||
第二天上午 | 常用R 包(2) 基因、蛋白相關分析 | R語言功能富集分析,包括KEGG pathway,以及GO BP, CC, MF分析,功能條形圖,功能氣泡圖可視化 |
共表達分析——pearson法,相關性散點圖 | ||
生存預后分析——KM曲線圖,添加p值,HR值 | ||
樣本相關性及相關性熱圖分析 | ||
實操 | ||
第二天下午 | 常用R包(3) 常見思路 | 單細胞測序相關分析 |
RNA甲基化相關分析 | ||
時間序列分析——多組連續樣本的基因表達聚類 | ||
實操 | ||
R語言學習的方法與技巧 | 算法思想、R包及函數用法、參數說明、范例程序 | |
如何找到有用的R資源 | ||
R語言學習小竅門 | ||
互動環節與答疑 | ||
PS:必須攜帶電腦,最好是win10系統,蘋果系統需自己安裝好R和Rtudio軟件。會后主辦方會統一提供全程錄像作為復習資料。
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通過該培訓,可以學會R語言基礎(輸入文件格式、輸出文件格式、操作代碼的參數調整)、統計學上各種算法的實現、SCI常用圖片生成等,例如:
具體示例可添加微信客服HDJVIPKEFU查看。?
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上海循掘生物科技中心于2020年2月21日舉辦TCGA&GEO生信高通量數據挖掘分析研討會2020(2月深圳班)會議。
會議日程
會議嘉賓
參會指南
會議門票
會務費用:3000元
優惠政策:
1. 提前報名并付款的,可以預先拿到學習資料
2. 三人組團報名,每人優惠100元
開具正規會務費發票,提供紙質蓋章邀請函
時間:2023年1月7-8日(2天一夜)
第一天 白天 9:00-17:30,晚上 19:00-22:00
第二天 白天 9:00-17:30
地點:騰訊會議網絡會議室
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溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動延期或取消,建議“異地客戶”與活動家客服確認參會信息后,再安排出行與住宿。
退款規則:
活動各項資源需提前采購,購票后不支持退款,可以換人參加。
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